着《天理说》和《实证论》开始扩散，反对的声音也开始起来了。既有反对《天理说》的，也有反对《实证论》的，更多则是两个一起反对。
《天理说》和《实证论》虽然可以圆了儒家的大道，但是这两种理论，特别是《实证论》都缺乏儒家经典作为有力的支撑。
而且《实证论》还将实证、实践至于理论之上，又提出了“由小道而求大道”的理论。也就是大大提升了“伎术”在儒学体系中的地位。
而苏东坡在国子监论道中所说的那番注重“实用之学”的话，又和宋朝士大夫们普遍拥有的“贱技思想”所抵触。因此在进入七月份之后，反驳《实证论》的上疏也多了起来。还有不少士子和官员在开封府和海州出版的旬报上发表文章，抨击《实证论》违反了圣人的道理，还举出了《礼记王制》中“凡执技以事上者，不贰事，不移官，出乡不与士齿”为依据。
另外，苏东坡主导的国子监改革和进士科左右榜改革也引出了不少争论。不仅新党新学一派都不赞成，就是旧党人物也没多少支持改革，都认为这是苏东坡和武好古师徒在“生事”，在走王安石的老路。
甚至连这两位大儒的弟弟——武好文和苏辙，也有同样的看法！