幽灵船和港口的事件结束，没有任何的后续进展。
根据狼人凶手的口供，警方想要寻找指使威胁狼人犯罪的幕后真凶苦艾酒，但狼人没见过苦艾酒，两人都是通过网络联络的，所以，没有任何的头绪和线索。
而港口发生的枪击事件，因为有fbi的介入，fbi早已经找好了合适的理由给日本警方。
不过，柯南和灰原哀，也因此进入了fbi的视线内，茱蒂探员想让灰原哀加入证人保护计划。
所谓的证人保护计划，就是完全抹去灰原哀的名字、住址和一切经历，让灰原哀完全从人间蒸发。
然后，会给灰原哀在一个新的地方，一个没有人能认出她的地方，给灰原哀安排一个全新的身份和性命，能让灰原哀正常的上学成长，长大后也会有足够的收入和福利保障，过着无忧的生活，不用担心会被黑衣组织发现，整日提心吊胆的怕黑衣组织找上自己。
不过，一旦加入证人保护计划，就表示和以前的一切，全都切断了联系，家人和朋友等等都不能进行联系。
茱蒂探员小时候，就加入过证人保护计划，所以，非常了解内情和利弊。
但是，面对茱蒂探员的邀请，灰原哀毫不犹豫的拒