最高掌控者宫主之外，下面设院，设文院、武院、道院、法院、医学院、阴阳学院等等诸多学院，差不多百家的每一个流派都自成一个院，不过除了百家流派设成的院系之外，宁采臣还设立武院，顾名思义，武院以武为主，而道院和文院也并非全部纯粹的由儒家和道家的人组成，在宁采臣的想法中，文院当由文人组成，道院则以修士为主！
每个院设院长、副院长，成为各院的管理者，整个稷下学宫由诸多学员组成，互不干预，但又互相交流。
同时，在稷下学宫中实行学位制度，分学士、大学士、荣誉大学士三种，学位的获得有两种方法，一种是根据所作出的贡献获得，另一种则是根据实力直接授予，武道神通这个层次的直接授予学士、巨头层次的授予大学士、极境强者直接授予荣誉大学士，也就是，目前为止，整个稷下学宫有资格授予荣誉大学士的只有宁采臣和张良，虽说张良距离极境还差一点，但是相差已经不大了，走到这一步只是时间问题，完全可以授予。
学位是一种认可，也是一种荣誉，除此之外，也有其实质作用，最简单的就是，学士学位等同于朝廷三品大员，享受朝廷俸禄，这是最基本的权利，还有诸多特权。
宁采臣一直相信，画个大