但百姓还是不死心，拼命地哀求，希望能有个进后门的机会。
挨不过百姓请求的宋应星只好上报了郑成功，让他拿主意。
考虑到教师就二十来个，再增加学生数量的话，就不能保证教学质量。
郑成功只好亲自劝说那些百姓，告诉他们今年是没有额度了，但可以让他们将名字留下，明年一定优先招募他们的孩子入学。
在郑成功再三保证下，这些有鉴于大将军的好名声才不舍的离去。
厦门格物学院的教学拟定了五年课程计划。
第一年识字，讲解浅书，第二年开始熟读四书五经，第三年开始学习基础知识和专业知识。
基础知识有《物理学》、《九章算术》、《几何原理》。
学院考试严格，有月课、季考、岁考三种。优等者有奖金，劣等者需要体罚。
第五年举行大考一次，优等者记优留院，继续深造。同时跟随教师研究格物，类似于现代的研究生。
为了鼓励学生有探索精神，学院还设有化学实验室、博物馆、天文台灯。
随着厦门格物学院的设立，不单培养了一批不同于传统的近代科技知识分子，帮助郑成功改造了武器。