厦门格物学院选用的书籍也大多是华夏的，像是关于农业手工业的《齐民要术》、《农政全书》、《天工开物》、《考工记》；
关于水文地理的《徐霞客游记》、《禹贡地域图》、《水经注》、《河防一览》；
关于天文的《甘石星经》、《授时历》；
关于物理机械的《墨子》、《梦溪笔谈》、《新仪象法要》；
关于医学的《本草纲目》、《皇帝内经》、《素问》、《伤寒杂病论》、《唐本草》、《图经本草》；
关于数学的《九章算术》、《周髀算经》，以及徐光启与利玛窦合译的《几何原本》、孙元化翻译的《太西算要》；
西方书籍主要都是以传教士带来并翻译的：德国天文学家开普勒《新天文学》，开创医学定量实验的意大利圣托里奥《论医学测量》，英国哈维著《动物心血运动的研究》，托勒密的《地心说》，伽利略的《两门新科学的谈话》和《关于两大世界体系的对话》，亚里士多德的《物理学》；
随着教师和书籍的确定，厦门格物学院开设了木业、工业、天文、数学、医学、农业七个班。
后来随着教师的增加，尤其是在年传教士卫匡国回到罗马向天主教罗马