随着政治制度的改制，军队也进行了改制。
为了更好的统帅三军，同时对突发状况做出迅速反应，成功正式下达了对郑家军的整改。
新设国防部，隶属于内阁，是内阁领导和管理国防建设事业的部门。新法规定军队的调动以及战争状态必须由内阁决定，内阁总理签署。
国防部是最高军事行政机关，负责国防建设，传达作战命令，具体有关作战指挥事宜由军区最高指挥官实施；
国防部主要机构由海军指挥部、陆军总部、后勤部构成。
洪旭任上将军衔，担当国防部长，管理国防部的日常工作。
林习山任上将军衔，担任海军总司令。
姚启圣任中将军衔，担任总参谋长。
设立三个军区，一是南京军区，二是江淮军区，三是安庆军区。三个军区都直接受国防部管辖。
南京军区总司令暂由国防部部长洪旭担任，司令部驻南京，南京军区下辖个集团陆军，即第、第、第集团军。
万礼任少将军衔，担任第一集团军的军长，辖步兵第师、第师、第师，编入炮兵一旅。
姚国泰任少将军衔，担任第二集团军的军长，辖骑兵第旅、第旅、第