力，短期来看和自己最有冲突的反而是逐渐消退日渐萎靡的葡萄牙。
西班牙和荷兰没有取得直接同明王朝贸易的资格，葡萄牙人占据澳门对于西班牙的商人防范极严，前往马尼拉贸易葡萄牙人获利颇丰，但是直接前往美洲总督区殖民地贸易是不允许的，会被当地的西班牙人扣留和没收货物的。
所以葡萄牙人与望北城和商会公司之间有很大的利益重合区：双方都可以与明王朝合法贸易，所以注定了双方的贸易形式与荷兰人或是西班牙人截然不同。
因为利益重合，双方有很深的矛盾。
马尼拉每抵达一艘福建海商商会的船，葡萄牙人就会少卖一些货物；葡萄牙人在日本的商馆受到了陈健的极大威胁，在天主教的问题上陈健添油加醋在德川家生了把火；陈健在北大年和泰国的作为，严重侵害了葡萄牙在缅甸的利益，葡萄牙已经向泰王提出了驱逐共和国商人的要求和威胁；暂时表面上与荷兰公司交好的行为以及之前雇佣兵的形式陪着荷兰人去马六甲转了一圈的实质性动作，更让葡萄牙怀恨在心；在明朝内部排挤天主教，抢走了耶稣会擅长的科技传播亲近上层士大夫的路子……
可惜现在荷兰已经和西班牙休战了，现在对付葡萄牙在十年之内只