忙于各种军务政务，尤其是加紧了对直属军队湖北新军的训练和控制，虽然为了避免满清朝廷警觉，没有仓促的过于扩军，却效仿鬼子自卫队的阴招，把士卒当做什长训练，把什长当做哨官培养，哨官则要求接受营官的教育，以便在关键时刻大量迅的扩军。
为了方便指挥调派和培养独挡一面的人才，吴越还对军制稍加改动，组建起了四个兵团，把三个营的水师单独编制，统一交给王孚率领，为水师独立兵团；湋源口的四个营由已经改名为黄远龙的黄大傻统一指挥，辅之以冯三保，为第二兵团；另将三个营交给曹炎忠组建第三兵团，辅之以刘铭传；骑兵营、炮兵营和三个直属营则划归第一兵团，由吴越亲自率领。四个军团的编制都是湖北抚标，也全都只听令于吴越一人。
除此之外，刘坤一的庄字营也是由吴越直接指挥，是湖北抚标的编制外第五兵团。结果让吴越既欣慰又暗中恼怒的是，刘坤一几次密报曾国藩企图收买和拉拢他，想把与湖北新军装备相同的庄字营拉进湘军，屡遭拒绝却仍然贼心不死。
武昌总兵王国才也是吴越的争取对象，结果让吴越颇满意的是，被自己一手扶持上总兵位置的王国才也还算讲良心，不但同样拒绝了曾国藩的拉拢收买，还密报官文让他暗