事任命权交给曾国荃，让曾国荃在河南自行任命官吏和招募士卒扩建军队，并要求曾国荃务必要突破清军的黄河防线，杀入直隶帮助太平军分担北伐压力。
另一边，杨秀清也在迅的调兵遣将筹备北伐，6地上仍然是石达开担任6师主帅，只是鉴于石达开的嫡系主力此前遭到重创的缘故，杨秀清不得不从其他战场抽调韦俊、曾立昌和李世贤三支军队北上鲁南，帮助石达开从6路进兵北上。同时为了对付山东清军的里治步枪，杨秀清还把高价买来的击针枪、米尼枪和燧枪分出一部分交给石达开，帮助石达开补强实力。
海路方面，杨秀清既无法亲自率军北上，也不放心把宝贵的舰队交给外人，便一咬牙把主帅的重任交给了自己的二弟杨元清，辅之以朱锡琨、杨辅清、范连得、林绍璋、曾玉秀和邱福恩等太平军老将，作战主力则是杨秀清自己的嫡系精锐，不但忠诚可靠，还大都装备向洋人高价买来的先进武器。
对于杨秀清在海路上的安排，洪仁玕颇有异议，很是担心没有多少指挥作战经验的杨元清难以挑起这个重担，也指挥不动范连得、曾玉秀和邱福恩等早在永安建制时就已经声名显赫的太平军老将，建议杨秀清要么亲自率军北上，要么就让成名更早、太平天国创建时地位