至于到了后期，明教和朝廷的冲突起点，应该是江南被搞的太穷，蔡党太丧心病狂，缴纳不起税费的人越来越多，所以不爱逃跑不爱造反的南方人，便越来越多的加入宗教避税。那么加入的太多，朝廷税费少了，朝廷就会觉得明教越来越不懂事。与此同时，摩尼教的明尊善母信念、又更具当时的形式结合了汉朝妖人太平道的教义。
“旧天已暗无天日，新天当立，冲破黑暗，迎接光明”，这就是演变出来的变种——明教。
教义当然是好的，但其实都是游戏，看当权者怎么对信徒解释了。更具这样的教义，以及当时江南被蔡党祸害到了某种程度的土壤，于是方腊就成为了四大寇之中最猛之人，一时之间响应者百万之众。
朝廷和明教双方的冲突，自此而来。
当然现在还没有演变到哪一步，所以在合法的途径上，很难把这些事给办了。
目下除非高方平有方天定和郑居中勾结的直接证据，才能把郑居中定性。因为自陈留事件后，方天定被开封府定为反贼，文告昭示天下后，方天定并没有去开封府或者刑部申诉应诉，就代表默认了事实，依据大宋律方天定还真的就是反贼了。
但在没有连坐制度的大宋，方天定是反贼却不