司马睿见到陶臻很高兴，任命他为参军，并加封陶侃为奋威将军，赐赤幢曲盖轺车及鼓吹，陶侃迫于无奈，和华轶断绝了来往。陶侃阵前倒戈，让华轶元气大伤，夏口一失，江州门户大开。
都城洛阳经常受汉赵（匈奴贵族刘渊建立）的军马侵扰，民变四起，华轶仍有匡扶天下的志向，派人上贡到洛阳时，仍不失臣节。华轶更向使者说即使洛阳的道路断绝，也不该改上贡送给名不正言不顺的琅邪王司马睿，由此得罪了司马睿。
为了以表对皇帝的忠心，华轶不肯接受司马睿的命令，与司马睿的关系更加恶化了。属下大多都劝谏华轶退一步海阔天空，与司马睿合作，而华轶坚持己见，没有采纳部下的意见。
司马睿见华轶不接受自己任命，于是派扬烈将军周访率兵驻屯彭泽，以防备华轶的扩张。周访欣赏华轶忧心天下的热诚，不愿挑起华轶与司马睿的嫌隙，改屯寻阳。
永嘉五年（311年），永嘉之乱发生，匈奴贵族刘渊带兵攻陷了洛阳，掳走了晋怀帝北归。司空荀藩推举司马睿为盟主，于是司马睿承制改易长吏，但华轶不服从。
司马睿找到了出兵的借口，派左将军王敦率领甘卓、周访、宋典、赵诱等人讨伐华轶。华轶派别驾陈