二十世纪最后的夏天。那一天人类第一次知晓，自己并非地球唯一的支配者。
地球上出现了巨大生物“怪兽”和能够驱逐怪兽的强大的存在——“哥斯拉”。和怪兽的战斗持续了半个世纪，人类不断失败和逃亡，最终不得已实施了逃离地球的计划。
年，在外星种族“艾克西夫”和“毕鲁萨鲁多”的帮助之下，由中央政府管理下的人工智能筛选出的人类搭乘恒星移民船“阿拉特拉姆”号向.光年外的“鲸鱼座塔星”前进。但是，历经长达年的旅程终于到达的塔星环境比预计的还要恶劣，并不适合人类的存续。
摆在人类面前的选择，似乎不多了……
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以上这些文字在大雄面前闪过，辅之以一些飞速掠过的画面。他大致辨认出来，这是一场惨烈的战争，开战地点应该是地球上的喜马拉雅山。无数火炮、激光攒天而起，向着那个山一样的目标飞去，但最终都只打出了几个不痛不痒的火花，没有什么用处。
下一个瞬间，大雄感觉一阵颠簸，他被传送到了一个狭窄、黑暗的空间。
“……他没有骗我，这一切都是真的……”
大雄有些惊愕地扶了一把墙壁，他惊讶地发现，自己