后，大明很多文臣不肯死在北京，反而跑到南京殉节的原因之一。
南京留都，拥有除皇帝本人和内阁之外全套的朝廷机构，皇宫和六部、都察院等，都是一直保留并且实际启用的(当然皇宫由于没有皇帝，只是处在低层次保养维护状态)。
之所以总说南京三大巨头，是因为南京留都的特色守备制度，它实际上分为内守备和外守备以及参赞机务。
内守备，就是南京镇守太监，由中官出任，最有名的南京镇守太监是郑和。
外守备一人，协同守备一人，皆武臣。
而文臣者，必是南京兵部尚书，并加“参赞机务”。
按照这个最初设置来看，仅仅只是“参赞机务”的南京兵部尚书的地位原本最低，但是跟北京方面一样，文臣地位提升之后，参赞机务的南京兵部尚书反而成了权力最重的那个人。
外守备和协同守备按例都是勋臣担当——说到这里，就可以解释一下为何徐鹏举一出事，临淮侯长子李言恭就急急忙忙来京了。
早在嘉靖末年，徐鹏举就是南京外守备，而协同守备则正是临淮侯李庭竹。嘉靖三十九年四月，因为南京振武营兵变之事，南京三巨头(实际四人)都吃到了惩罚：外守备徐