但实际上，连这三项权利，也被六部侵占了很多。
比如说管理屯田，成祖永乐时期“以五军都督府总摄天下屯政。”
建文四年九月，令五军都督府给各个都司下达指令“令卫所屯田如旧制，卫指挥一人，所千户一人专提调，都指挥督察之，岁终上其所入之数，以课勤怠。”
永乐九年九月，有卫所军士因入京操练耽误屯种，但五军都督府“必欲追纳”强征屯粮，军士只得击登闻鼓诉状。
宣德三年三月，在皇帝给五军都督府的敕书中，指责“屯种徒拥虚名，兵食常不给足”，进而要求五军都督府必须“务屯种”。
可以看出，这个时候五军都督府对于屯田事务还是负全责的。
不过随着储粮户部郎中的设立，在九边等地逐渐形成了总督、巡抚、户部郎中和兵备道的管理体制。具体开垦荒地、清理屯田等事由户部郎中和兵备道负责。
过去那种军屯情况完全由都司、卫所报告给都督府，然后再转行给户部的程序，已被打破，兵备道可直接向户部报告清理屯田和拨军屯种情况。五军都督府管理屯田之职掌已大为削弱。
而推选将领，则是被兵部侵占了权力，甚至……连翰林院都分了一