，与甘丹寺合称为拉萨三大寺，这是格鲁派早期的基础。
宗喀巴去世时，格鲁派还没有采用活佛转世的办法来解决领袖人物的继承问题，是由他弟子贾曹杰、克珠杰等相继继承他的法座，称为甘丹赤巴。网更新最快电脑端:/
此后不久，新兴的格鲁派就受到仁蚌巴家族的限制和打击，处于低潮。这期间有宗喀巴晚年时的一个弟子根敦珠巴在日喀则新建扎什伦布寺，成为格鲁派在后藏地区的中心。
根敦珠巴去世时扎什伦布寺的法台仍是由其弟子继承，但是同时有一些人认为在达那地方出生的根敦嘉措是根敦珠巴的转世，并把根敦嘉措迎请到扎什伦布寺居住。
由于当时格鲁派中还没有实行活佛转世的制度，所以根敦嘉措的地位一直难以确定。后来根敦嘉措受到扎什伦布寺法台意希孜莫的排斥，离开扎什伦布寺到哲蚌寺学佛。
根敦嘉措在前藏各地活动，逐渐有了名望，他又在山南兴建了曲科杰寺。正德七年，意希孜莫请他返回扎什伦布寺，让他担任扎什伦布寺的法台，这可以说是格鲁派中活佛转世对师徒相传取得了优势。
这时，仁蚌巴下令禁止格鲁派僧人参加拉萨正月的祈愿**会，哲蚌寺僧众请求根敦嘉措返回。正