心”人类难以接近和理解。
如果存在一个中介，可以让驾驶员与机体产生精神感应（知觉同调），就能实现对机体的感知与操控。这个中介，就是人类的灵魂。碇唯提出这个理论后，主导开发了eva的第一代操作系统。
作为一位天才科学家。也是一位伟大的母亲，她早就知道seele的阴谋，预知了第三次冲击可能无法避免。为了人类的未来，以及自己唯一的儿子真嗣着想，她不惜自我牺牲，亲自参与初号机的同步试验。最后，在“意外”中，由于同步率超过400%而失去形体，灵魂融入初号机核心。
自此，eva的第一代操作系统诞生。此后其他机型的eva操作系统也沿用了这个做法，代价是献祭一个人类的灵魂。而且，驾驶员与核心内的灵魂必须为血亲关系，才能获得最高的同步率。
由于融入初号机的碇唯灵魂是完整的，拥有她的全部意志，所以真嗣面临生命危险时，初号机才有护犊子的暴走能力。虽然对真嗣很好，但这意味着脱离掌控，是seele不愿意看到的缺陷。
所以，吸取了初号机的教训后，二号机融入的是明日香母亲的部分灵魂。并且磨灭了其中的意识，所以二号机是最稳定成熟的机体，没有暴走的风险。但是，