及大理寺和都察院一样，成为大明朝廷常设衙门，主要负责海运以及海外军政要务。海运司前五年自给自足，后五年俸禄将划归户部，人员升迁到时候也需要报备吏部。
简简单单的一个安排，就透露出无数个信号。其一，海运司将与六部平起平坐，前五年更是自己说了算，权力凌驾其他衙门之上，也就是说苏瞻作为皇家海运使实际上地位已经与六部尚书平起平坐，虽然海运使现在只是正四品，但实际权力却是正二品大员的权力。
其二，海运司五年之后将不会独立在外，不受约束，将纳入到大明外廷庞大的朝廷体系中来。这就避免了海运司衙门一家独大，同样，皇家海运使也不会变成权势滔天，尾大不掉的祸患。
其三，五年之后，六部多少能插手海运司事务，也就预示着所有人都能在海运利益上分一杯羹。如此一来，旧派对新派的抵触也不会想以前那样强烈，而新派崛起的阻力也会减少一些。最终会演变成，你中有我，我中有你，新派与旧派将形成完美的平衡。
其四，五年之后，随着海运司纳入庞大的行政体系，皇家海运使的权力会被进一步分散，而勋贵豪门的影响力也会一点点减弱。朝堂要平衡，旧派要削弱，新派要崛起，同样，勋贵也不能膨胀