命果实”（s2机关）并且觉醒，成为“近神”的存在，从而开始引发第三次冲击。
之后，渚薰就会驾驶六号机用卡西乌斯之枪对“近神”的初号机进行审判（汲取耶稣被处死时的宗教意义），计划进行到这里，初号机（碇真嗣）已经凑足了同时兼备“智慧果实”和“生命果实”的硬性条件，成为真正的神之子。
如此一来，通过其他的手段，碇源渡自身的位格将会成为“神之子”的父亲，也即是“神之父”——真正的神，而主导初号机的碇唯将会成为“神之母”，新的世界将会围绕他们一家三口诞生。
不得不说，这个计划非常的疯狂。
但是从《V》后续的走向看，碇源渡很可能会取得成功。而且就算出了问题，他和碇唯的儿子碇真嗣也依旧会成为“亚当”。
然而零观的出现，却使的所谓的「人类补完计划」出现了偏差。
初号机是莉莉丝的复制体，绫波丽是莉莉丝灵魂的复制体，而零观又将莉莉丝所有的灵魂抹除记忆融入了绫波丽的灵魂中，经过这么一个程序，此时已经被绫波丽拉入体内的初号机已经可以算得上是真正的使徒莉莉丝了。
而当拥有着“智慧果实”的莉莉丝吞噬掉力天使的“生命果实”以后，它自