自然要有新的代替，南都留守司衙门便是应运而生，选址就在原本的镇守太监府邸。
南都留守司下设三个分部，分管南京内外的军政、民政和税收，增设了一批如惠民药局、施粥厂、南都历事分局、工事分局、火器分局等一批的功能性衙署。
至于这些衙署的官员，先从原本各部院官员中录有实绩者择优充任，若是不够，再由京师统一调派。
除此之外，南京城并不会和其余的府城有任何不同。
同时，明廷取消了南直隶行政区，将旧有南直隶十四个府彻底打散，只保留顺天府等三个仍是府的沿革，其余十一个或降为直隶州，或降为散州，地方官员同样随之降级。
尤其是曾发生动乱的建武朝廷首都杭州，被直接从府降为散州。
除了戍卫兵士以外，南京内城的巡卫、镇守工作此后将全部由周经武统带的神 武军负责，周经武不仅是南京守备，还被任命为留守司军务分部的主事官员。
南直隶其余州府的处置，用一个字可以概括，那就是拆。
彻底拆了原本南直隶各州府的辖境，北侧徐州府降为直隶徐州，淮安府降为直隶淮安州，两处均划入山东辖内，设知州、守备，由山东三司统一管理。