崇祯二十年二月，崇祯皇帝一旨令下，明廷开始彻底整改南直隶。
首先裁撤的就是旧有南京六部，明廷将南京吏户礼工刑兵六部，还有都察院、国子监等一大批与京师相同规格和名号的部院尽数裁撤，并且永不再设。
这道旨意一出，大明自永乐年间施行了两百余年的两京制度，便是彻底被废除，天下由此而是议论纷纷，不少人惊慌失措，觉得又要大乱。
更有人幸灾乐祸，觉得这是崇祯皇帝咎由自取，势必灭亡，然而无论这些人如何去想，明廷上下在南京的整改行动却仍是如火如荼。
西厂、神 武军，以及各地戍卫兵马，几乎都是全数出动，随处可见巡卫的兵丁和奉旨拿人的番子、差役，旁人无不是敬而远之。
在这个期间，就连青皮们也是不敢滋事，因为官差对他们再也不会留情，这个节骨眼上被抓到了，几乎都是难逃死亡的命运。
裁撤这些部院之后，数万官员没了官身，自然要联络各个阶层开始闹事，但西厂动作很快，仅五品以上官员，在三日之内就抓捕了数百人。
严重些的抄家灭门甚至被诛族，请的祸及自身，或被充军戍边，或被发为刑役，打散到各地的陵寝之地做免费的苦力劳工