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不仅如此，在这之后，李遵祖在鞑靼海峡建立起一所简陋的军港，而后他们乘船出海，在萨哈林群岛上插遍了大明的金色旗帜。
北方战事连战连捷的同时，明军在接受固始汗称臣请求之后，开始派兵在西藏和新疆、青海一带驻军，设置地方机构进行管理。
当然，这样的做法，必然会引发沙皇阿列克谢和叶尔羌汗国的不满。
崇祯二十三年十月，大明与俄罗斯全线开战。这一战线，西起后世新疆一带，东至努尔干地区。
明军联合喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古、和硕特蒙古与叶尔羌和沙俄进行地毯式打击。
十一月底，马进忠率部在贵州战役中击溃叶尔羌，俘获阿不杜热依木之子阿不杜拉，将西套地区收入大明地图。
一个月之后，叶尔羌汗国的统治者阿不杜拉在京师被崇祯皇帝下令处斩。
阿不杜拉死后，其子尧勒瓦斯继承汗位，但仅一月之后就被阿不杜拉之弟苏里所杀。
此后，刚刚统一不久的叶尔羌陷入混乱状态，固始汗迅速出兵，在吐鲁番郊区击溃了苏里的军队。
固始汗的军队进占吐鲁番之后，将城市的拥有权和平交给了随后赶到的马进忠。