随后，帝大封群臣，设内阁，内阁首辅一名，辅臣七名，总领全国政事。首辅上任之后，提名内阁成员，交由帝审核，组建内阁。内阁首辅每任五年，连任不得超过两届。
内阁下辖九部，吏、户、礼、兵、刑、工、大理寺、商、科，分管全国政务。
内阁之外，设三军都督府，与内阁并列，负责全国军事。然，都督府仅有领兵权，无调兵权。调兵需要帝授予虎符，方可调动军队。
不错，云涯所奉行的，类似于明朝的内阁制。但是不同的是，他却加强了自己的权利。并且加重了武将一方的权利，让他们不至于被文臣所压制。但双方，却又相互制约。比如六部中的兵部，他们负责的却只是军方的后勤，粮草武器等。
然后，云涯又力排众议，追封赵敏为元妃，封自己的两个徒弟周芷若为若兰公主，韩昭为昭圣公主。成立锦衣卫，六扇门，月影卫，以及暗龙卫。其中，锦衣卫监察百官，六扇门针对江湖，月影卫针对中原之外的诸族，而秘密的暗龙卫，却是仅仅效忠于自己。
紧跟着，又成立了独立于朝廷的通天阁，收集天下武学。并且，把自己的老师张三丰请到了里面，请他坐镇。将原本的四大法王，五散人，五行旗主等人全部的塞到了里面