最后念旧情的孔有德和李九成一干叛将打开城门释放了孙元化以及登莱官员宋光兰、王徵、张焘等等。
三月底孙元化等人被押解进京后投入镇抚司昭狱问罪。
其实按照孙元化的过失和山东造成的损失、死亡的人数，杀孙元化一百次都是罪有应得。
可是大明该死的官员何其多也，也不差孙元化一个，崇祯皇帝连杀人如麻挖了老朱家祖坟的张献忠都能够招安，为什么不能给徐光启老脸饶了孙元化的小命？
历史上的记载强调孙元化是死于迫害、是党争的牺牲品，这纯粹是屁话，单单由于登莱叛乱导致建奴得到了许多红夷大炮、西夷教官和几百经过葡萄牙人训练的炮手就足以杀孙元化的头。
再看看东林党认为的几个迫害孙元化的主要政敌余应桂、李梦辰、路振飞，他们经过历史验证哪一个不是铁骨铮铮一直跟流寇、建奴战斗到死？
恰恰相反，大多数东林党员先降流寇再降建奴，然后用他们的笔歪曲历史事实，可惜难以自圆其说！
现在的历史如故，孙元化被关进昭狱吃了不少苦，徐光启和周延儒多次请求皇帝留孙元化一命无果，眼看着孙元化就要被明正典刑。
孙元化的几个儿子