明朝援朝战争时，丰臣秀吉计划在福建、浙江沿海大举登陆，将战火引到中国本土，来个南北夹击，打到京城去。万历皇帝侦察到这个消息后，不敢怠慢，调遣精兵强将在福建、浙江沿海布置防守，同时，也准备来个“反其道而行之”，派军队去攻打日本本土，此时沈有容也被调到福建、浙江一带。
丰臣秀吉没来得及扩大援朝战争的规模，就病死了。他死后，日本军队逐步撤出朝鲜，援朝战争结束，登陆日本的计划也就此终止。然而虽然大仗没有打起来，福建、浙江沿海一带并不太平，时常有小股的倭寇、海盗入侵，于是沈有容便在这里驻扎下来。
沈有容在福建驻守时，听闻有一股倭寇从浙江流窜到福建，他于是加强防备，倭寇见占不到便宜，便从福建流窜到台湾，设立据点驻扎下来，四处掳掠人口，抢劫商人，台湾土著居民及福建沿海居民深受其害，于是向福建巡抚报警。
福建巡抚认为沈有容智勇双全，又熟悉海战、火器，便派他前去台湾剿除倭寇。沈有容出发的时侯带了二十四条战船，不料途中遇到了大风浪，只有14条船能出战。当时，有人劝沈有容说，既然天意不利于作战，不如先回福建再作打算。沈有容慨然道：“福建居民饱受倭寇所害，盼星