朝廷决议进行军制改革：“并团营复祖制，将十二团营、两官厅官军悉并入五军营，仍分中、左、右、哨、披五枝，每枝添设坐营官一人，参将二人，游击二人，三千、神 机及五军所属二千围子手等营俱如故。自古宦官不得典兵，今大营内，尚有内臣、提督、监枪等项，不下二三十人，此辈既不知兵，又专役占为务，俱宜裁革。“
在军制改革、汰淘冗员后，接下来，又针对之前春、秋各部轮番进行操练的弊端，进行了改革：”自今请令于五月中旬赴京，各都司统率入营一体操练，至十一月中旬回休息，不必两班赴京，如此则每岁京营秋防之时，可得十五六万人，比之招募尤为省费。“这些建议上报嘉靖皇帝，制曰：”可！“
后来在隆庆年间，隆庆和议达成，明朝与蒙古之间结束了长期的战争；到了万历年间，俺答部因为争夺顺义王之位，四分五裂，风头渐渐被“插汗”部取代，其首领就是林丹汗或前文所说的虎敦兔汗。广宁之败后，从广宁到山海关之间的大片地区，原本居住的百姓纷纷逃亡，“插汗”部等蒙古部落乘虚而入，在这里放牧。
王在晋、孙承宗短暂的同事生涯中，还有一件大事，那就是所谓的十三山义民事件；原来广宁之战失利后，大部分难