山海关及蓟、辽、天津、登、莱诸处军务，便宜行事，不从中制，而以阎鸣泰为辽东巡抚。孙承宗乃辟职方主事鹿善继、王则古为赞画，请帑金十八万以行。帝特御门临遣，赐尚方剑、坐蟒，阁臣送孙承宗于崇文门外。
孙承宗至山海关后，于是一反王在晋时淘汰冗员，精兵简政的做法，来了个”新官上任三把火“；孙承宗令总兵江应诏定军制，佥事袁崇焕建营舍，李秉诚练火器，赞画鹿善继、王则古治军储，沈棨、杜应芳缮甲仗、筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程仑主市马，广宁道佥事万有孚主采木，而令游击祖大寿佐金冠于觉华岛，副将陈谏助赵率教于前屯，游击鲁之甲、副将李承先练骑卒，参将杨应乾募辽人为军。
江应诏后来被人弹劾，孙承宗请用马世龙代之，马世龙，字苍元，宁夏人。由世职举武会试，历宣府游击。天启二年擢永平副总兵。孙承宗署兵部时认识他，孙承宗认为马世龙是难得的奇才，于是向天启皇帝推荐马世龙为都督佥事，充三屯营总兵官。
孙承宗出关镇守后，推荐马世龙为山海关总兵，俾领中部，调总兵王世钦、尤世禄分领南北二部。正月间赐尚方剑，实授府衔，天启皇帝皆认可这些计划。孙承宗筑坛拜马世龙为大将，代行授钺礼，军、