孙承宗曰：“再照臣抵关虽未敢议诛逃将，而心颇严之，如原任总兵李秉诚，数月来练火药几二万人，其勤敏有精思 ，是当录叙其新绩，不必从前追询其旧过，庶令臣所为操练诸将者将人人可鼓也。臣又念锦衣卫指挥陈居恭向议移臣居外，为台省论劾革任。居恭系臣同乡晚辈，或过信臣为力可当关而语无伦次，未必信人指授。况今臣既抵关，似宜复其原任，无令人谓臣一入纶扉，侵及邑子，又天慈所以庇臣也。”
杜应魁者，故辽东备御也，罢官，市酒长安，然其人实悍毅，可为战将。有物色之者，遂坐作声价，必欲得大将方出。给事韩继思 荐为副总兵，招生。所招兵实多百金之上，而索厚糈，部执格不与，遂未免虚伍以养壮士。
后来兵部给孙承宗回了一封信，明确提出杜应魁须结清旧账才能放过：“看得年来东事孔棘，凡借名招募，骗官骗饷，实多奸党，更倚墙壁，虽缉拿之檄日下而抗骄之焰转炽，法纪至此，国家几无三尺矣。心切恨之，乃何物募练营兵?守备有如杜应魁者，虚负匹夫一剑之勇，无投石超距之能，招兵坝上，名虽八千，一查于山海道，而虚冒者二千有奇，再点于关院，而隐替者又五百有奇，月计岁计，糜饷几数万金。以乌有之军糈饱一己之谿壑，心无