他埋头做生意，置苏杭细软、两京大内宝玩，兴贩琉球、朝鲜、真腊、占城、三佛齐等国，以等侯时机。
天启六年--七年，福建一带发生了极为罕见的旱灾，几个月都没有下过一场雨，赤地千里，一向富裕的福建人，此时连草皮、树根都吃尽了，郑芝龙趋机招揽了大批饥民赴台湾，用海舶载至台湾，令其芟舍开垦荒地为田。厥田为上，秋成所获，倍于中土。其人以衣食之余，纳租郑氏。
郑芝龙发展壮大后，又乘机进攻福建、广东沿海等地，一时间声威大振，郑芝龙略有纪律，不许掳妇女、屠人民、纵火焚烧、榨艾稻谷。比乘风横行，羽檄飞报，沿海戒严。当事者咄咄，一筹莫展。工科给事中颜继祖在给崇祯皇帝的奏折中就写道：“海盗郑芝龙，生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。”
郑芝龙知道自己想在海上成就一番事业，离不开大明的支持，他所到地方但令百姓报水（即通报官府消息），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。郑芝龙曾经向熊文灿表达曰：“苟得一爵相加，当为效死力，东南半壁可高枕矣。”
于是，熊文灿向崇祯皇帝为郑芝龙请命，崇祯皇帝知道郑芝龙说的是大话，郑芝龙串起太快，不要说荷兰人仍然坚船利炮