过辽东的挫败后已不复当年的雄心壮志，再无意于仕途，于是批准了他的请求。督师辽东兵部尚书袁崇焕闻知此事始末后，给崇祯皇帝上谨题为抚臣病故事奏：“臣以宁远兵嚣，东行料理。到前屯，忽接道臣郭广禀称，巡抚毕自肃于初八日午时身故。臣拊膺悲涕。抚臣才守兼优，且豁达果决，臣久处莫逆，今竟身殉封疆，其经手钱粮与应得恤典，容臣另行查奏。惟宁前三面邻虏，兵嚣而乱形巳见，松杏处处効尤，外防虏，内防兵。又，于臣未到任时，布锦、松、杏三城为守将撤回，而粮料已运贮在内，守多则力分。此时难于臣在事时数倍，以臣习辽事尚且踟躇，即有新抚臣来，何能便熟艰巨？“
臣欲调蓟抚王应豸而东，则抚臣肝胆真而手作利。但蓟门重地，抚臣若东，又难于为抚臣者。臣正苦豪手之不能多也。又鉴于辽事从前之坏，经抚并设，盖危地各欲见所长，至权之并，遂不相下。且有公袒佐斗，且付疆场于一掷，如辽广之覆可寒心。即关门近亦岌岌，臣亲见而身尝之，今欲改败辙而灭东夷，当以并抚为提，衡两道诸镇心志一。
袁崇焕与当年与王之臣之事，来说明督、抚之间意见不一的害处：”耳目专而臂指之皆灵，无复并掣之肘，始足以荡寇。而复辽故镇、道、协、将、听、