同盟虽然没有了意义，可明对蒙古的每年“赏赐”却必不可少。
崇祯帝即位后，想“尽革其赏”，林丹汗派去索赏的大臣贵英恰也被明军所杀。
林丹汗于次年六月大举入侵大同，杀死明朝军民数万人，差点攻占大同城。
明不得不重新恢复“赏赐”，至此，这盟友就已经反目成仇了。
内有叛乱，外有后金强敌，再与明交恶，林丹汗其实已经自掘了坟墓。
四年后，皇太极看准这个机会，决定发动对林丹汗的决战，彻底征服漠南蒙古。
连续四年大战，林丹汗亡命青海，逃难过程中部众大量流失，最后染天花死于青海大草滩。
林丹汗死后，他的势力再次分裂。
最大的部分，自然是他的儿子额哲，但额哲与他爹不一样，额哲选择了投降，向皇太极献出了传国玉玺（明灭元后，一直没有得到这方玉玺），被皇太极封为亲王，蒙古由此灭亡，成了满清的附庸。
此时叛乱的苏尼特部落，在额哲投降后四年，才降得清，清廷妻腾机思 以郡主，授和硕额驸，次年改封扎萨克多罗郡王，诏世袭罔替，并给了左右两旗的编制，这就是蒙人在旗的起源。
本来这