东察合台汗国此后开始养精蓄锐，在恢复了一些实力后，摩拳擦掌，开始向东用兵，准备武力征讨关西七卫。
但是伊犁离哈密太远了，为了吞并哈密，东察合台的大汗阿黑麻将首都从伊犁迁到了吐鲁番。
所以明朝的史书上又把东察合台汗国的名字给改了，改叫土鲁番汗国。
哈密国在抵挡一阵后，向明朝求援。
当时的明朝皇帝是嘉靖，这皇上整天忙于炼丹，对哈密这个附属国懒得搭理。
最后哈密王开城向吐鲁番投降，嘉峪关以西的所有羁縻卫所全部被吐鲁番汗国吞并。
在东察合台汗国回光返照之际，吐鲁番大汗有个弟弟叫赛依德，他因为跟他的大汗哥哥有仇，然后就向西逃到了帖木儿后裔，也就是他表哥巴布尔那里避难。
可是没想的是，他刚逃到那里，结果巴布尔统治的国家也朝不保夕了。
当时在中亚兴起了一个叫布哈拉的突厥王朝，这个布哈拉汗国四处扩张，打的周边汗国哭爹喊娘，巴布尔就是哭爹喊娘的其中一份子。
这里的布哈拉人就是现在的乌兹别克人。
在布哈拉汗国的大军压境之下，巴布尔抵挡不住，便跟赛依德说，干脆我们兵分两