正德年间，为满足实战需要，又设置了所谓的“东官厅”与“西官厅”，“东官厅”选的是十二团营之中的精锐，“西官厅”则选的是九边精锐，统称为“两官厅”，此时团营沦为“老家”，而原先所谓的“老家”，就连这块“遮羞布”也彻底失掉了。
嘉靖继位之初，沿袭了武宗的做法，然而团营之法在实施了近百年之后，暴露出了不少弱点，渐渐不再适应明朝的实际情况。
当时任兵部尚书的是杨一清，他是一位历经成化、弘治、正德、嘉靖四朝的老臣，深悉团营制的利弊，他给嘉靖皇帝上了《团营疏》曰：“因陋就简垂四十年而戎马日耗，士卒之殷实者出钱包班而其名徒存，贫难者饥寒困苦而其形徒在，衣裳滥楼、气息奄奄，平居且不能自存，安能为国挥御百战之寇哉。“
提督团营太监张永也上奏：“查上十二营官军，原额一十万七千有奇，今止五万四千四百有奇，马原额一十五万二百余匹，今止存一万九千三百余匹，且其中病、念者过半，营务废弛，盖莫甚于此时。”
在嘉靖二十九年（公元一千五百五十年）庚戌之变中，明军惨败而归，暴露出战斗力低下等一系列的问题；兵部尚书王邦瑞上疏言道：“国初营兵不减屯八十万，元戎宿将常不乏