十二艘船被炽热的炮火击沉，五十多艘船逃亡台岛，其余全部被俘。
五月二十八，华军以伤亡7人，没有舰船损失为代价，占领澎湖。
休整两天之后，华军继续进攻。
海盗军在主基地之一的基隆外海沉船五十余艘，制造人工障碍物，尝试阻击华军。
六月初一华军登陆舰队趁着涨潮强行通过水下封锁线，几艘新式重型炮舰直接从水下沉船上方驶过，压开一个通道，旧式舰艇立刻从这个通道涌入港口。
海盗军随后发起大规模反击，至少五十艘装有各种型号的铁炮、铜炮、木炮的炮舰掩护大约两百艘小型火攻船强冲拥挤在封锁线内的华军舰队。
华军新型炮舰部队侧舷对敌，组成一条战列线，向敌军倾泻最大火力。
水兵也在船舷边缘使用步枪增强火力，最后华军用一些舢板系留在炮舰前方，阻挡火攻船靠近。
双方激战两个时辰，所有火攻船损失殆尽，五十艘海盗炮舰有11艘被击沉，17艘被俘，其余退回港内。
华军损失六十艘舢板，另有一艘炮舰被焚毁，35人阵亡，33人受伤。
当天下午华军发起对基隆的登陆作战，华军登陆之后，海盗在陆地