上组织两次反攻，但没有取得任何成绩。
六月初三，华军已经完成对基隆的合围。
六月初四清晨，天降大雾，海盗军发起最后一次大规模海上反击作战：大约二十艘炮舰掩护三十多艘小船，趁着大雾伪装成华军舰艇，接近华军炮舰部队，随后发起跳帮作战。
海盗们一度跳上几艘华军炮舰，然而他们很快就被米涅枪手和发射霰弹的轻型甲板炮一一射杀。
纵使如此，此次接舷战也是海盗军交换比最好的一次战斗：海盗军损失两百人，华军损失七十人。
不过，被偷袭后，暴怒的华夏海军对附近的海盗船进行持续追杀，至少三十艘大小船舶被击沉，其余溃散——这次华军没有保留俘虏。
六月初六，华军发动对基隆的总攻，当天攻克基隆。
攻克基隆后，华军在本地进入休整，同时躲避台风季节。
一直持续到十月初，华军才再次发动进攻，这次华军海陆并进，十月初五占领淡水，两天后占领南嵌，十月十二占领南墅，十五日占领新港，二十二占领崩山。
十月二十三，海盗军纠集最后主力两万余人，外加本地巴布撒社、猫雾悚社等猎头族猎人八百，在大甲溪一带进行陆地上